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根据国家中长期科技发展规划，国务院决定组织实施“重大新药发现”重大科技项目，设立“创新药物研发”、“大品种药物技术改造”、“创新药物研发技术平台建设”、“企业创新药物孵化基地建设”、“新药研发关键技术研究”五个项目。每个项目都有几个特别的主题。

在此背景下，国家超级计算深圳中心依托超级计算机强大的计算能力和科研人员丰富的研究经验，整合优势资源，在创新药物技术集中的领域或领域构建现代化、国际化的综合性药物研发创新平台。

在这个平台上，可以使用超级计算机辅助药物设计。

首先，从活性小分子化合物出发，经过修饰和修饰，得到活性更好、毒性更低的新化合物。这种方法被称为基于配体的药物设计。

第二是寻找和设计能与生物靶标相互作用的小分子，并从其大分子结构中调节其功能，这被称为基于结构的药物设计。

基于配体的药物设计方法包括定量构效关系(QSAR)和药效团方法。基于结构的药物设计方法分为分子对接和全新药物设计方法。基于这些方法，可以通过高通量虚拟筛选获得先导化合物结构，从而加速新药的研发。

虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术。虚拟筛选的介入将药物筛选模式从“体外筛选→体内筛选”转变为“体内筛选→体外筛选→体内筛选”。与传统的高通量筛选相比，虚拟筛选具有高效、快速、经济的优点。

虚拟筛选方法仍在发展中，从现有的主动筛选到主动和药物样性质(吸收、分布、代谢、排泄和毒性，ADME/吨)的综合筛选；另一个发展方向是根据疾病相关基因的调控网络(或途径)进行虚拟筛选，这也是计算系统生物学的重要研究内容。

国家超级计算深圳中心提供的药物开发平台主要包括分子模拟、药物发现、三维定量构效关系模型、药物性质评价、数据库管理、蛋白质模拟等主要部分，充分体现了平台服务的开放性和创新性。该平台提供相关的公共技术和中介服务，包括目标发现、新药筛选、先导物质和试验优化、药理学和毒理学等。开展广泛的国内外合作与交流，力争使该平台成为深圳乃至全国能力最强、影响力最大、研究工具最完善的公共服务平台。

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